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苹果手机自动清理短信后恢复的方法取决于具体情况。以下是一些可能的解决方案。
1、通过iTunes备份恢复：如果开启了iTunes备份，那么被清理的短信可能存在于备份文件中，连接手机与电脑，在iTunes上选择恢复备份，选择需要的备份文件后，点击恢复即可，这样，清理的短信可能会恢复到手机中。
2、使用iCloud备份恢复：如果使用了iCloud备份，可以尝试通过iCloud同步恢复短信，连接手机与Wi-Fi网络，在设置中找到iCloud，开启短信同步功能，这样，清理的短信可能会从iCloud同步回来。
3、使用第三方软件恢复：存在一些第三方软件可以恢复被清理的短信，例如数据恢复软件，连接手机后扫描手机数据，找到被删除的短信进行恢复，但这种方法可能存在风险，因此使用时需谨慎。
如果以上方法均无法恢复被清理的短信，那么可能需要寻求专业的数据恢复服务帮助，数据恢复的成功率和效果可能因具体情况而异。
为了避免数据丢失，建议定期备份手机数据，对于重要的短信或信息，也可以考虑设置短信云同步功能，确保数据的安全性和可恢复性。